selectエレメントを作成したあと表示させたい時はposition:absoluteでおk

なので

//element作成
  select_element = document.createElement('select');
//座標指定できるように。これがないとどっかの領域に適当に表示される。
  select_element.style.position = "absolute";
//座標指定
  select_element.style.left = "100";
  select_element.style.top = "100";
  select_element.style.width = "100";
  select_element.style.height = "100";
//ついでにz軸も
  select_element[i].style.zIndex = 1;

//OPTIONを試しに２個追加
  var option1 = document.createElement('option');
  var option2 = document.createElement('option');
  option1.appendChild(document.createTextNode("OPTION_TEXT1"));
  option2.appendChild(document.createTextNode("OPTION_TEXT2"));
  option1.value = "VALUE1";
  option2.value = "VALUE2";
//OPTIONをSELECTにくっつける
  select_element.appendChild(option1);
  select_element.appendChild(option2);
//#base_layerっていうidのelementにくっつけてみた。
  $('#base_layer').append(select_element);

な感じでjavascript上でselectオブジェクトはつくれますなりよ。